Las colecciones tanto arqueológicas como históricas que admiramos en las salas de exhibición permanente, pertenecen al acervo del propio museo, y se enriquecen con prestamos de otras instituciones como el Museo Nacional del Virreinato y de coleccionistas particulares entre los que destaca el anticuario Rodrigo Rivero Lake.

Son obras que configuran un patrimonio notable, pues nos hablan de mundos lejanos que se unieron a través de una ruta comercial por más de dos siglos, al igual que de la región de Guerrero con sus interesantes culturas arqueológicas como la cultura Mezcala, integrada con influencias Mayas y Olmecas, mezcladas con grupos locales, que lograron crear centros ceremoniales y un complejo de figuras y máscaras conocidas como estilo Mezcala con fuertes rasgos geométricos.

El estilo Mezcla se ha definido por las esculturas portátiles que son figurillas y máscaras aplanadas hechas por gruesos rebordes, filos y oquedades distribuidas con un gran sentido plástico, repartidas simétricamente dentro de una cara rectangular o trapezoidal, alrededor de un reborde en forma de T que constituyen las cejas y la nariz. Se han encontrado también numerosas representaciones de animales, utensilios, maquetas arquitectónicas y algunas representaciones de edificaciones de juegos de pelota.

El Museo está dotado con servicios múltiples como taquilla, tienda, auditorio, un departamento de servicios educativos encargado de guiar tanto las salas como la propia fortaleza, una sala de exposiciones temporales, amplio estacionamiento, áreas verdes que brindan al visitante las especies propias del bosque tropical y sobretodo una magnífica vista al puerto de abrigo y a la incomparable bahía de Santa Lucía.

Acapulco representa la puerta de entrada de todas las mercaderías y de las influencias de culturas originarias de varios continentes, encrucijada de razas y pueblos, hogar de la célebre Nao de China, conocida también como el Galeón de Manila, y de sus ferias. El Museo guarda lo más destacado de esta historia.